صاحب الوافي حيث يفرق الأول كثيراً من المتناسبات في أبواب متعددة ، ويجمع الثاني أحياناً ما لا مناسبة بينها في باب واحد كما أن عناوين الأبواب أيضاً ليست على حد تفصيل ( الوسائل ) ولا إجمال ( الوافي ) بل هيبدورها واسطة بينهما . 6 - رعاية التنسيق بين أبواب كتاب واحد والترتيب المناسب في تواليها . 7 - رد أبواب السنن المستقلة إلى مواضعها في كتب الحديث عند القدماء ، علماً بأن صاحب الوسائل أدرجها خلال الكتب بمناسبة ما ، مثل أنه أدخل راويات ( الأواني والظروف ) في كتاب الطهارة وكذلك روايات ( آداب الحمام ) والحال أنّ محلّها من كتب الحديث كتاب خاص باسم ( كتاب الزي والتجمّل ) وكذلك روايات ( آداب السفر وآداب العشرة واحكام الدوابّ وأبواب المزار ) أتى بها في كتاب الحج ، ولا يحتاج إليها الفقيه فرأينا بإشارة من سيّدنا الأستاذ ، تأخير أمثال هذه الأبواب إلى آخر الكتاب يجمعها كتاب باسم ( الآداب والسُنن ) ليتمحّض أصل الكتاب لما يحتاج اليه الفقيه في استنباط الأحكام ، ومن هذا الباب أبواب الزيارات والأدعية المستقلة غير المرتبطة بما وقع في أبواب الفقه . 8 - نقل عدة من أبواب كتاب القضاء في ( الوسائل ) الحاوية لأدلة الأحكام إلى مقدمة الكتاب التي تشكل مجلداً كاملًا بما فيه من مقدمات العبادات ، وذلك كأبواب حجية الأخبار وطريق علاج ما تَعارضَ منها ، وحجية ظواهر الكتاب وحجية العقل وإبطال القياس وحرمة البدعة وحكم الشبهات الحكمية والموضوعية إلى غيرها . مراعياً تبديل عناوينها التي أتى بها الشيخ الحر حسب مسلكه الأخباري ، إلى ما استقر